Klub Pelikan Niechanowo szkolenie młodych piłkarzy zapoczątkował już w 2000 roku. Początkowo była to głównie miejscowa młodzież, która trenowała wraz z zespołem seniorskim. Wychowankowie systematycznie zasilali szeregi pierwszego zespołu. Wiosną 2012 roku, do rozgrywek WZPN została zgłoszona pierwsza drużyna młodzieżowa.

W 2019, w związku z dynamicznym rozwojem Klubu, Zarząd podjął decyzję o wyodrębnieniu w ramach struktur klubowych Akademii szkolącej dzieci i młodzież pod rozpoznawalną marką Pelikana Niechanowo. Zbiegło się to również w czasie z programem certyfikacji szkółek piłkarskich przez PZPN, gdzie zostaliśmy zakwalifikowani do certyfikatu brązowej gwiazdki. Niewątpliwie wyróżnia nas to spośród lokalnych szkółek.

Obecnie w oficjalnych rozgrywkach piłkarskich WZPN występują 3 drużyny młodzieżowe. Akademia zrzesza zarówno dziewczęta jak i chłopców z niemal całego powiatu gnieźnieńskiego.

Roczniki U-14, U-12 oraz U-10 naszej Akademii uczestniczą w oficjalnych rozgrywkach organizowanych przez Wielkopolski Związek Piłki Nożnej. To już 9 sezon, w którym rywalizujemy na boiskach piłkarskich niemal całej wielkopolski.